Την αμιγώς αγωνιστική έκδοση της 650S παρουσιάζει η McLaren στο Goodwood Festival of Speed με την ονομασία GΤ3. Ακολουθώντας τα χνάρια της προηγούμενης McLaren 12C GT3 έτσι και η νέα αυτή έκδοση, διακρίνεται για το άγριο παρουσιαστικό της μέσω του body kit που διαθέτει και το οποίο είναι κατασκευασμένο από ανθρακόνημα.
Οι μηχανικοί της McLaren εξέλιξαν περαιτέρω την γεωμετρία της ανάρτησης της 650S για την έκδοση GT3 εφαρμόζοντας παράλληλα μεγαλύτερα μετατρόχια, roll cage και έκαναν τις απαραίτητες αλλαγές στο εσωτερικό έτσι ώστε η έκδοση αυτή να πάρει αγωνιστική άδεια χρήσης σύμφωνα με τις προδιαγραφές της FIA.
Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι το πακέτο που διαχωρίζει την GT3 από τις απλές 650S μπορεί να εφοδιάσει και τις εκδόσεις GT3 της 12C αφού μοιράζονται τον ίδιο κινητήρα των 3.8 λίτρων. Η McLaren θα κατασκευάσει 15 μονάδες της 650S GT3 μέχρι το 2015 καθώς και 15 πακέτα αναβάθμισης για την 12C.