Οι εναλλακτικές στα καύσιμα έχουν φέρει το υδρογόνο σε πρώτο πλάνο, ως Νο1 αντίβαρο στην ηλεκτροκίνηση. Αρκετές αυτοκινητοβιομηχανίες βλέπουν το H2 ως βιώσιμη επιλογή για το μέλλον των κινητήρων εσωτερικής καύσης, προτάσσοντας σαν κύριο «όπλο» τις σχεδόν μηδενικές εκπομπές ρύπων. Το «σχεδόν μηδενικές» είναι η φράση-κλειδί, καθότι ναι μεν το υδρογόνο επιβαρύνει λιγότερο την ατμόσφαιρα σε σχέση με την αμόλυβδη και το ντίζελ, αλλά δυνητικά μπορεί να δημιουργήσει δηλητηριώδεις καταστάσεις.
Το πανεπιστήμιο του Πρίνστον και η Ομοσπονδία Ωκεανών και Ατμόσφαιρας των Η.Π.Α. διεξήγαγαν μελέτη, σχετικά με την αλληλεπίδραση του υδρογόνου και των ατόμων που συναντά στην ατμόσφαιρα κατά την καύση του. Ένα συγκεκριμένο, για την ακρίβεια, που ονομάζεται ρίζα υδροξυλίου (ΟΗ) είναι που δημιουργεί προβλήματα, ενώ κατά μόνας έχει ευεργετικές επιπτώσεις στην ατμοσφαιρική ισορροπία. Το ΟΗ κανονικά αντιμετωπίζει τα αέρια του θερμοκηπίου, καταπολεμώντας το διοξείδιο του άνθρακα, το μονοξείδιο του αζώτου και κυρίως το μεθάνιο. Το συναπάντημά του με το υδρογόνο, όμως, επιφέρει τα ακριβώς αντίθετα αποτελέσματα.
Σύμφωνα με τη μελέτη των Αμερικανών, η ρίζα υδροξυλίου ειδικεύεται στη διάσπαση του μεθανίου. Παράλληλα, όμως, είναι ιδιαίτερα προσφιλής στην αντίδραση με το υδρογόνο. Εδώ είναι που αρχίζουν τα προβλήματα, καθώς οποιαδήποτε αύξηση στις εκπομπές υδρογόνου πέρα από ένα δεδομένο όριο, οδηγεί στην «υπερ-απασχόληση» του υδροξυλίου με το H2. Με άλλα λόγια όλο και περισσότερα άτομα OH έλκονται από εκείνα του υδρογόνου, αφήνοντας τα αντίστοιχα του μεθανίου ανεξέλεγκτα. Το υδροξύλιο δηλαδή δίνει -κατά κάποιον τρόπο- προτεραιότητα στη διάσπαση του υδρογόνου, παρά στο μεθάνιο. Εξέλιξη που αφήνει τον κορεσμένο υδρογονάνθρακα περισσότερο στα στρώματα της ατμόσφαιρας, επιδεινώνοντας το φαινόμενο του θερμοκηπίου!
Όπως επισημαίνει ο διδάκτωρ ερευνητής Matteo Bertagni: «Η έκλυση υδρογόνου στην ατμόσφαιρα σήμερα, θα οδηγήσει σε προοδευτική συσσώρευση μεθανίου τα επόμενα χρόνια. Αν και το υδρογόνο έχει διάρκεια ζωής μόνο δύο ετών στην ατμόσφαιρα, ο αντίκτυπος του μεθανίου από αυτό το υδρογόνο θα είναι αισθητός μέχρι και 30 χρόνια από τώρα». Συνεπώς, η διαχείριση των εκπομπών υδρογόνων είναι ζωτικής σημασίας: «Η διαχείριση των ρυθμών διαρροής υδρογόνου και μεθανίου θα παίξουν πρωτεύοντα ρόλο στο μέλλον. Αν έχουμε μόνο μια μικρή ποσότητα διαρροής μεθανίου και λίγη διαρροή υδρογόνου, τότε το H2 πραγματικά μπορεί να μην είναι καλύτερο συγκριτικά με τα ορυκτά καύσιμα από περιβαλλοντικής άποψης, τουλάχιστον σε βάθος 20-30 χρόνων».